Identification and screening of Francisella tularensis indel markers

En ny metod, baserad på genetiska markörer i form av tidigare oanvända likheter och skillnader på DNA-nivå, har tagits fram. Dessa markörer, bestående av insertioner och deletioner av DNA-sekvenser, hittades och identifierades med hjälp av en rad bioinformatiska sökverktyg tillämpade på fyra F. tularensis genom. Därefter undersöktes och klassificerades ett antal av F. tularensis bakteriestammar med avseende på de hittade markörerna. Släktskapsindelningen överensstämde med tidigare resultat. Dessutom kunde en tidigare identifierad, men icke-inplacerad underart, mediasiatica, positioneras i släktskapsträdet samt misstankarna om att de japanska stammarna av underarten holarctica bildar en egen underart, bekräftas. Unika markörer för de olika grupperingarna kunde också fastställas. I framtiden kommer ytterligare indelmarkörer att tillämpas i undersökningen av fler stammar av F. tularensis. En förhoppning är att indelmarkörerna, i kombination med andra typningsmarkörer, ska utgöra ett standardverktyg för pålitlig identifiering av stammar samt fastställandet av släktskapsförhållanden inom och mellan bakterieunderarter och på så sätt bidra till ökad förståelse för bakteriell evolution. Denna studie har således resulterat i att nya genetiska markörer för korrekt identifiering av F. tularensis underarter samt visat att dessa markörer kan användas för att på ett säkert sätt kunna bestämma släktskapsförhållandet inom Francisellaceae.